您好，夫妻双方有两个孩子的话，离婚时原则上一人抚养一个。两周岁以下的孩子一般会归母方抚养，除非母方存在重大疾病或者虐待行为等不适宜抚养孩子的情形。按照您所表述的情况，男方婚内出轨可以作为离婚的理由，但是两个孩子一个三岁，一个一个多月，这样情况下，若女方没有不适宜抚养孩子的法定情形外，一个多月的孩子会判归女方抚养，三岁多的孩子会判归男方。但是男方有不利于孩子身心健康成长的法定情形外，女方也可以主张抚养两个孩子。具体还需要结合实际情况来判定。
【法律依据】
《最高人民关于人民审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》第一条：
两周岁以下的子女，一般随母方生活。母方有下列情形之一的，可随父方生活：
（1）患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的；
（2）有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的；
（3）因其他原因，子女确无法随母方生活的。
